製品紹介
CustomArray™のよくあるご質問(FAQs)
Q 1. CustomArray™とは?
Q 2. CustomArray™はどのように作られるのですか？
Q 3. Spotted Array（スタンフォード方式）との違いは?
Q 4. CustomArray™は他のin situ合成方法とどこが異なるのですか?
Q 5. CustomArray™はどんな用途に使用できますか?
Q 6. 自分用のCustomArray™を作るのに何日かかりますか?
Q 7. CustomArray™の使用には特殊な実験器具が必要ですか?
Q 8. CustomArray™に使用するサンプルは?
Q 9. 何個のスポットがCustomArray™で利用可能ですか?
Q10. CustomArray™作成のための自分専用の遺伝子群リストをつくるツールはありませんか?
Q11. 自分で作ったプローブ配列もCustomArray™上に載せられますか?
Q12. ハイブリダイゼーションの最適温度は?
Q13. CustomArray™上で合成されるプローブの長さは?
Q14. ウイルスゲノムの遺伝子と宿主の遺伝子を一枚のアレイに混在することは可能ですか?
Q15. コントロールには何を用いればよいでしょうか?
Q16. ハイブリダイゼーションにはどのくらいの量の核酸サンプルが必要ですか?
Q17. ハイブリダイゼーションに使用する核酸は?
Q18. 自分のCustomArray™はどのようにしてイメージデータを取得すればよいですか?
Q19. 他のCOVERSLIPをイメージングに使用できますか？
Q20. スキャンしたイメージはどのようになりますか?
Q21. どのようにCustomArray™イメージを数値化すればよいのでしょうか?
Q22. バックグラウンド値での補正やチップ間の値をノーマライズできますか?
Q23. CustomArray™の解析結果の解釈には、どのソフトウエアを利用すればよいでしょうか?
Q24. CustomArray™は再使用できますか?
Q25. CustomArray™はどのくらい保存できますか?
Q26. CustomArray™の保存方法は?
Q 1. CustomArray™とは?
CustomArray™はコンビメートリックスのユニークなオリゴDNA合成型のマイクロアレイです。　合成される配列は自由に変更できます。　また、Web上で供給されるインターフェースを利用して、研究者が配列をデザインできます。納期は約30日です。
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Q 2. CustomArray™はどのように作られるのですか？
コンビメートリックスでは、Electrochemical Synthesis技術によって、5 x 22 mmの大きさの半導体チップ上にオリゴヌクレオチドDNA群を直接合成いたします。このDNA群の合成は、ホスホアミダイド法を用い、更に複数の電極をコンピュータ制御することによって、チップ上を覆う特殊なPRL層（Porous Reaction Layer）で行われます。このPRL層とオリゴヌクレオチドとの結合は共有結合です。
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Q 3. Spotted Array（スタンフォード方式）との違いは?
CustomArray™はオリゴヌクレオチドを貼り付けるのではなく、プローブ用のDNA群を直接チップ上で合成するin situ合成方式です。従って、従来の方法と異なり数百種類のオリゴヌクレオチドを作成するコストもかかりません。また、プローブの改良やレイアウトデザインの変更が簡単に行えます。
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Q 4. CustomArray™は他のin situ合成方法とどこが異なるのですか?
CustomArray™はElectrochemical DetritylationによってDNA合成を行います。Electrochemical Detritylationは、光学的リソグラフを用いた合成法よりも効率がよく、従って、高品質で高感度のオリゴヌクレオチドDNA群を合成できます。オリゴヌクレオチドを用いたマイクロアレイの潜在的な能力が、最大限に引き出せます。
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Q 5. CustomArray™はどんな用途に使用できますか?
オリゴDNAを合成委託するように、CustomArray™によりマイクロアレイごと作成できます！テーラーメードの遺伝子発現解析や、色々なアイデアを具現化する手法として利用できます。最適なアレイ用のプローブ配列を見出すためのWeb-baseのシステムは、GenBank Accession Numberでも、ｃDNAやゲノム配列データでも利用できます。
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Q 6. 自分用のCustomArray™を作るのに何日かかりますか?
アレイデザインが決まりオーダーしますと、受注後約30日でCustomArray™を納入いたします。
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Q 7. CustomArray™の使用には特殊な実験器具が必要ですか?
必要なものはマイクロアレイ用スキャナーです。CustomArray™は、実験用スライドガラスと同じ大きさですので、通常のスライド型マイクロアレイ用スキャナーが利用できます。他の機種でも利用可能でしょうが、弊社はAxon GenePix® 4000B、4200A、4200AL及びPerkinElmer® ScanArray 4000、ScanArray 5000、ScanArray Lite、ScanArray Expressを推奨しています。その他の器具は、通常の分子生物学の実験器具で対応可能です。
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Q 8. CustomArray™に使用するサンプルは?
通常、8μｇ以下のビオチンあるいは蛍光標識したDNAやRNAが使用できます。
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Q 9. 何個のスポットがCustomArray™で利用可能ですか?
CustomArray™12Kでは12,000個の異なるスポットが利用できます。
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Q10. CustomArray™作成のための自分専用の遺伝子群リストをつくるツールはありませんか?
以下のツールが使用できます。The Cancer Genome Anatomy Project http://cgap.nci.nih.gov。 これはGene Ontologyのデータベースで、ヒトやマウスの遺伝子リストを作成するのに有用です。コンバートツールMatchminer http://discover.nci.nih.gov/matchminerを利用すれば、UnigeneのリストからAccession Numberのフォーマットを入手することも可能です。
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Q11. 自分で作ったプローブ配列もCustomArray™上に載せられますか?
はい、可能です。他のアプリケーションなどでデザインした40塩基以下のプローブならば追加可能です。
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Q12. ハイブリダイゼーションの最適温度は?
CustomArray™用のProbe Design softwareは、0.33 M NaClの溶液中で、Tm値が70-75℃の35 merオリゴを探し出してくれます。また、バッファーやハイブリダイゼーションの最適温度及び時間などの情報は、米国サイトよりダウンロード可能な「CustomArray™ Protocols」に記載されています。
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Q13. CustomArray™上で合成されるプローブの長さは?
35〜40塩基のDNAオリゴです。
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Q14. ウイルスゲノムの遺伝子と宿主の遺伝子を一枚のアレイに混在することは可能ですか?
複数のゲノム由来のプローブでもTm値が一致していれば(5℃以内の範囲)、使用できます。
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Q15. コントロールには何を用いればよいでしょうか?
"Spike-in control"、"Housekeeping gene"、及び"Negative control"を加えることを推奨いたします。 "Spike-in control"は、１-100ｐMの濃度範囲に設定してハイブリダイゼーション直前に測定サンプルに加えます。
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Q16. ハイブリダイゼーションにはどのくらいの量の核酸サンプルが必要ですか?
ビオチン標識又は蛍光標識された5〜10μｇの核酸が必要です。
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Q17. ハイブリダイゼーションに使用する核酸は?
RNAでもDNAでも使用可能です。DNA：DNAのTmはDNA：RNAのTmよりも低いため、DNAサンプルを用いる場合には、ハイダイゼーションの温度を若干低めに設定する必要があります。
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Q18. 自分のCustomArray™はどのようにしてイメージデータを取得すればよいですか?
CustomArray™は、"wet"状態でスキャンする必要があります。アレイは、LifterSlip™と一緒に出荷されますので、バッファーを添加してカバーしてスキャンすることを推奨いたします。このLifterSlip™を使用することで、チップ表面がガラスに触れることや、余分な液体がスキャナーにダメージを与えることを防ぐことができます｡CustomArray™は透過型のスキャンはできません。
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Q19. 他のCOVERSLIPをイメージングに使用できますか？
いいえ、アレイの表面に傷を付けない為に"LifterSlip™"を使用することを推奨いたします。
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Q20. スキャンしたイメージはどのようになりますか?
異なる蛍光強度の円形のスポットが観察されます。各スポットは、半導体チップ上で長方形に仕切られた黒いマス目の中にあります。スキャンする際は、これらのマス目がある半導体チップ部分だけを行います。
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Q21. どのようにCustomArray™イメージを数値化すればよいのでしょうか?
Web上で供給されるソフトウエア（Microarray Imager）によって、"Chip Design File"と"Imageデータ(TIFF)"を結合し、各スポットの蛍光強度を数値化します。
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Q22. バックグラウンド値での補正やチップ間の値をノーマライズできますか?
Negative controlのスポットはバックグラウンド値として、測定値から減ずることができます。このNegative controlは、DNA合成を行ったスポットで、サンプルにハイブリダイゼーションしないものを利用します。DNAを合成しないスポットは、過剰な補正が起こる為、バックグラウンドとして不適当です。またノーマライズは通常、全スポットの測定値のMedianを利用して行うことができます。
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Q23. CustomArray™の解析結果の解釈には、どのソフトウエアを利用すればよいでしょうか?
弊社のMicroarray Imagerからのデータは、さまざまな解析ソフトウエアで取り込むことができます。
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Q24. CustomArray™は再使用できますか?
いいえ、データの質に問題が生じる可能性があり、再使用は推奨しません。
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Q25. CustomArray™はどのくらい保存できますか?
デシケーター内で4ヶ月です。
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Q26. CustomArray™の保存方法は?
室温で湿気を避け、遮光状態のダストフリーなデシケーター内に保存することをお勧めいたします。
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LifterSlip™ is a trademark of Erie Scientific Company